南京中醫(yī)藥大學開設的專業(yè)有傷寒學、中醫(yī)診斷學、臨床中藥學、中西醫(yī)結合基礎 、中醫(yī)痹病學、中醫(yī)腫瘤學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)耳鼻喉科學、中醫(yī)養(yǎng)生學等，具體完整專業(yè)請看下表。

南京中醫(yī)藥大學專業(yè)一覽表

南京中醫(yī)藥大學特色重點專業(yè)名單

國家級特色專業(yè)（5個）：中醫(yī)學、中藥學、針灸推拿學、中藥資源與開發(fā)、護理學。

世界一流學科建設學科（1個）：中藥學。

國家重點學科（3個）：中藥學、中醫(yī)醫(yī)史文獻、中醫(yī)兒科學。

國家重點（培育）學科（2個）：中醫(yī)學、中醫(yī)內(nèi)科學。

國家中醫(yī)藥管理局“十一五”重點學科（14個）：方劑學、溫病學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)婦科學、中醫(yī)肝膽病學、針灸學、藥用植物學、中藥藥理學、中藥炮制學、中醫(yī)醫(yī)史文獻學、中醫(yī)護理學、中醫(yī)脾胃病學、中醫(yī)腎病學、中醫(yī)肛腸病學。

國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點學科（19個）：傷寒學、中醫(yī)診斷學、臨床中藥學、中西醫(yī)結合基礎 、中醫(yī)痹病學、中醫(yī)腫瘤學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)耳鼻喉科學、中醫(yī)養(yǎng)生學、推拿學、中藥藥劑學、中藥化學、中藥資源化學、中醫(yī)藥信息學、中醫(yī)文化學、中醫(yī)藥管理學、中醫(yī)皮膚病學、中西醫(yī)結合臨床、中醫(yī)心病學。

江蘇省重點學科（8個）：中醫(yī)臨床基礎、方劑學、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)內(nèi)科學、中醫(yī)外科、中醫(yī)婦科、針灸推拿學。